La Facultad de Ciencias Económicas y Administrativas (FACEA) inició su operación en 1995, a la par de la entrada en funcionamiento de la Universidad. Arrancó con la oferta de dos carreras: Negocios Internacionales (en ese momento con el nombre de Comercio Internacional) y Administración de Empresas, la cual ofertaba dos especializaciones, una en Finanzas y otra en Marketing. Con el paso de los años, las dos menciones (Finanzas y Marketing) se ofertaron ya como carreras, ampliando así la oferta de la Facultad a 4 programas.
Posteriormente, en el año 2008, se abrió la carrera de Economía y en el 2009, la carrera de Gestión Deportiva. Más tarde en el 2020, añadió a su portafolio 2 programas, uno de posgrado con la Maestría en Econometría y uno de educación continua, en Gestión Deportiva, mediante una alianza con la Federación Internacional de Fútbol (FIFA).